Uma amostra pode não ser representativa por não ter quantidade de células suficientes, por ter artefatos de técnica significativos, como células rompidas em maioria, ou pelo fato das células obtidas não representarem todas as áreas.

Um exemplo clássico são as neoplasias mamárias, que costumam ter mais de um tipo histológico na mesma massa. Assim, uma neoformação com mais de 2 cm, dificilmente vai ter todas as suas áreas representadas numa coleta, resultado num falso negativo para malignidade.

Por outro lado, apresenta a grande vantagem de ser um método rápido, de baixo custo operacional e, se realizado com técnicas adequadas e por profissional devidamente treinado, é de grande valor para conduta médica.

A técnica pode adiantar resultados fundamentais na tomada de decisão, onde o tempo é um fator prognóstico significativo, como em osteossarcomas** e mastocitomas pobremente diferenciados. Outras contribuições possíveis do exame citopatológico incluem auxiliar num melhor planejamento cirúgico e definir se há necessidade ou não de solicitar a presença do patologista na sala de cirurgia .

A coleta pelo próprio patologista pode ser vantajosa em vários aspectos, uma vez que permite avaliação macroscópica da lesão pelo mesmo e, sobretudo, verificar na mesma hora se a coleta foi representativa ou não, e assim repeti-la se necessário.

*De acordo com literatura, o diagnóstico de osteossarcoma por citopatologia pode ser consistente em casos onde há tecido mole (não mineralizado) – o que é extremamente comum -, considerando-se os aspectos clínicos e epidemiológicos e a imagem do raio X. Adicionalmente, em nossa rotina observamos que o tratamento com anti-inflamatório não esteroidal prévio (2 ou 3 dias antes) ajuda a diminuir o processo inflamatório que frequentemente obscurece ou dificulta a identificação das células neoplásicas. Todos os casos por nós observados foram comprovados posteriormente por histopatologia.