Destina-se principalmente a avaliação de margens, mas pode ser utilizado para diagnóstico, consideradas as limitações em relação ao corte de parafina, e para verificar representatividade de uma biópsia coletada.

É preciso ter claro que, como todas as técnicas de diagnóstico, a histopatologia por congelação apresenta limitações. A começar por se trabalhar com amostragens, pois não há como delimitar toda a neoplasia, visto que a mesma cresce irregularmente e projetando raízes.

No entanto, representa sempre mais segurança e uma maior chance de se obter margens cirúrgicas livres.

Além disso, há que se considerar que é necessário um profissional com formação em patologia e larga experiência na rotina de diagnóstico, fundamental para que as limitações da técnica não sejam mais relevantes do que as informações que dela pode-se obter.